建所45年来，首都儿科研究所不断发展壮大，目前已成为集科研、医疗和科技开发为一体的公益型研究所。我国5岁以下儿童感染性疾病引起的儿童死亡率是发达国家的10-20倍。研究所针对这一严峻的社会医疗需求，开展了一系列有关儿童感染性疾病和儿童保健方面的医学科研工作。 由一批国家级突出贡献专家、北京市突出贡献专家、副高级以上研究人员组成的精干研究队伍，为研究所科研事业的发展提供了人才基础，研究所为国务院学位委员会批准的儿科博士、硕士学位授权单位，近年来单独培养了一批博士生、硕士生，为研究所的发展注入了新的活力。近几年来，研究所科研实力不断增强，每年都承担着一定数量的国家级、部市级和国际合作科研项目，并有一批优秀研究项目获得了国家级、部、市级各类科技进步奖。
面对我国卫生科技体制改革的严峻形势和学科发展、人才竞争的激烈挑战，我所重新确立了学科、技术的发展目标，凭借数十年来的技术与人才优势,着手在研究所内构建以'儿科保健群体医学研究'、 '儿科疾病基因研究'和'儿科感染的实验诊疗研究'等有着明确科技创新特色的三支主力科研队伍。
在三支队伍建设中，我们注重保持公益型研究所的特色与功能，重新组建与三支队伍研究方向相一致的研究室或课题组，承担国家级、世界卫生组织和北京市级的医学研究项目和任务。
对现有基础研究科室进行结构调整,将科研工作的精干部分剥离出来，淡化原有17 个研究室的概念，强化项目负责人和科技骨干的作用。在三支队伍的框架结构下重组9个研究实验室。
以病毒研究室、生化研究室、细菌研究室为主体，共同承担感染与免疫研究队伍的课题任务；综合现有遗传研究室、生化研究室部分课题组的研究优势，承担人类疾病相关基因研究队伍的工作任务；将儿童卫生发展研究室、儿童生长发育研究室、儿童营养研究室合并组建为儿童保健研究室，与流行病研究室共同承担中国儿童卫生保健疾病防治指导中心的工作任务和世界卫生组织中国儿童卫生合作中心的研究任务。
建立课题组考核制度，强化科研课题的中期考评与过程管理制度，实行阶段评估与中期否决制度，切实加大竞争与激励机制。建立和完善适合不同学科课题组研究特点的考核评价体系，通过定性与定量相结合的考核方式，使考核工作规范化、制度化。并为技术人员的竞争上岗，择优进入重点学科课题组创造条件。
考核每年进行2次，考核工作由科研办公室会同所学术委员会共同负责实施。对3支研究队伍的技术体系，根据研究方向、工作水平、业绩、科技投入与产出的各项指标，聘请所内和外部专家进行考核与评估，根据评分标准设立优秀、及格与不及格3 个档次。研究所根据专家的考核结果，对3支队伍及主管领导、管理部门进行相应的奖惩。
