2001年-2013年，中山大学作为首席科学家单位承担国家973计划(包括国际重大科学计划)15项，主持国家863计划资助项目共18项，承担国家自然科学基金重点重大类项目58项，理工医科领域获省部级以上科技奖励47项，其中，1项自然科学一等奖(主要参与单位之一)、11项国家自然科学奖二等奖、10项国家科技进步二等奖，17项研究分别获中华医学科学奖一、二、三等奖。

2006年至2013年，中山大学在人文社科领域承担国家社科基金重大项目12项，教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目10项，国家哲学社科基金项目重点及一般项目189项。2011年，学校获教育部人文社会科学研究一般项目41项，立项数在全国高校并列第一。“十一五”以来，全校文科共获省部级以上成果奖励210项，其中，2006年获第四届全国高校人文社科成果奖16项 ，2007年获广东省2004-2005年度哲学社会科学优秀成果奖41项;2009年获高等学校科学研究优秀成果奖(人文社会科学)18项，广东省2006-2007年度哲学社会科学优秀成果奖43项;2011年获广东省2008-2009年度哲学社会科学优秀成果奖45项;2013年获得高等学校科学研究优秀成果奖(人文社会科学)15项，获广东省2010-2011年度哲学社会科学优秀成果奖57项。

出版了《全元戏曲》、《全粤诗》、《叶名琛档案-清代两广总督衙门残牍》、《清水江文书》和《历史·田野》等丛书和著作。同时在Nature、Science、Nature Genetics、The Lancet、Cell等高水平学术刊物发表一批高水平论文，SCI收录论文数和论文被引用数逐年增加。

学校参与丁肇中教授团队的阿尔法磁谱仪(AMS)项目，负责“硅微条轨迹探测器热控系统”研发，对AMS的顺利工作起到了至关重要的作用。2013年4月，该项目团队在《物理评论快报》发表了第一个物理结果，中山大学团队为此作出了重要贡献。中山大学立足广东，面向全国，坚持以文化创新、科技创新和医疗服务推动国家和区域社会经济进步。