北航飞行学院成立于1993年，是由北京航空航天大学与中国南方航空股份有限公司联合创办，充分利用学校已有教学资源，发挥校企合作办学的优势，专门培养具有国际化视野高素质民航飞机驾驶员的学院。从1993年起开始招收“飞行技术”专业本科生，实施校企紧密结合办学模式，并送国外进行飞行训练，直接为航空公司定制式培养高水平飞行员。

截止到2013年9月，学院共招收“飞行技术”专业本科生共计4651名，招收非学历飞行学员617名。学院已为南方航空公司输送了2450名飞行员，其中已经有1000多名聘任了责任机长。

学院已经为南方航空、东方航空、四川航空、山东航空、邮政航空、幸福航空、中国商飞、顺丰航空等公司开展了飞行员培训业务。学院于2006年开展了大改架学员的招飞工作，2007年开展了非学历飞行技术学员的培训业务，2011年开展了养成生的招飞工作。

学院提出了“建成高水平航空运输理论研究的一流国际化飞行学院”的发展方向，培养具有国际化视野、高素质的飞行员工作目标。凝练出“思想好、作风硬、纪律强、技术精”的院训，对学员实施半封闭式的准军事化管理模式。

学院四个培养体系包括理论课程教学体系、国外飞行训练体系、职业资格取证体系和综合素养教育体系。学生首先在国内完成2年左右的基础理论学习，然后在国外进行1.5年左右的飞行训练，最后半年回学校完成毕业论文设计和民航执照理论考试，之后赴航空公司进行飞行实习。

学院于2008年分别获得了中国民航局ATPL理论培训和ICAO飞行英语培训资质证书，成为培养职业飞行员的专业培训机构，并获批成为中国民航局执照理论考试机构。

飞行学员完成全部课程，经考核合格，可获得9个证书，即：北航的本科毕业证书、北航学士学位证书;国外民航局颁发的私人驾驶执照、符合美国FAA标准的商用驾驶执照、仪表等级证书;中国民航局颁发的商用驾驶执照、仪表等级、专业英语、航线驾驶执照等证书。学员毕业后即可成为民航客机的右座副驾驶员，并具有随机机械师的水平。

学院贯彻“理论学习与飞行训练相结合，国内学习与国外学习训练相结合，学历教育与执照考试相结合”的教学指导思想，以培养具有国际化视野、高素质的飞行员作为学院工作目标。