南开大学历史学院拥有8个二级学科，它们是：中国古代史、中国近现代史、世界史、专门史、史学理论及史学史、考古与博物馆学、历史文献学、历史地理学，下辖20个专业，9个博士点，20个硕士点，基本上涵盖了史学领域的各个方面。全院下辖历史学系、世界史学系、文物与博物馆学系、历史研究所、中国近现代史研究所、古籍与文化研究所、日本史研究中心，美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心。

南开大学世界史专业涉及相当广泛的研究领域，尤其在世界古代中世纪史(含：拜占庭学)、美国史、日本史、拉丁美洲史四个研究方向在国内享有盛誉，在国际上也有很大的影响。古希腊罗马史学科在国内的地位举足轻重，学术带头人王敦书先生是世界古代中世纪史研究会的理事长，史届泰斗雷海宗(解放前在清华大学与陈寅恪等大师齐名)的关门弟子，国内罗马史的权威。拜占庭学在国内首屈一指，学术带头人陈志强先生(希腊亚里士多德大学博士)，是国际拜占庭学会中国首席代表，成为中国冲击这一世界显学的支柱。另外改方向组建了东欧拜占庭研究中心，汇集了国内相当丰富的有关拜占庭的英文、希腊文等外文研究资料和检索系统，为有志于从事学术研究的学子奠定了坚实的基础。哈全安教授主要指导阿拉伯史的研究方向，近年来逐渐转向中东地区现代化的比较研究，尤其是伊朗、埃及和沙特阿拉伯现代化的研究。