2010年学校以第一完成单位获国家科学技术奖6项，列全国高校第一;2011年获4项，列全国高校第五。2012年该校全年科研到账经费17.38亿元;获国家科技奖5项(作为第一完成单位4项)，其中，国家自然科学基金获批565项，总经费达3.51亿元，其中重点项目6项，创历史新高;重大专项新增立项课题26项，到账经费近2亿元。
| 发表学术论文 | 7356篇 |
| 2012年主要检索收录科技论文 | |
| SCI | 2468篇 |
| EI | 1626篇 |
| CPCI-S（原ISTP） | 542篇 |
| MEDLINE | 1181篇 |
| 出版专著 | 229部 |
| 专利申请及授权情况 | |
| 当年申请专利 | 1018 |
| 当年获得授权专利 | 478项 |
| 其中：发明专利 | 364项 |
| 实用新型专利 | 108项 |
| 外观设计专利 | 6项 |
| 累计获得授权专利 | 3428项 |
| 获奖年份 | 等级 | 奖种名称 | 项目名称 | 项目负责人 | 所在单位 |
| 2005 | 二等 | 科技进步奖 | OUR－QGD型立体定向伽玛射线全身治疗系统(全身伽玛刀) | 段正澄 | 机械学院 |
| 2005 | 二等 | 科技进步奖 | *三维超声成像的方法学和临床应用研究② | 王新房 | 协和医院 |
| 2006 | 二等 | 科技进步奖 | 数字轨道交通工程集成建设关键技术及应用 | 丁烈云 | 土木学院 |
| 2006 | 二等 | 科技进步奖 | 腹腔镜技术在泌尿外科的应用研究及推广 | 张 旭 | 同济医院 |
| 2007 | 二等 | 科技进步奖 | 材料成形过程模拟技术及其应用 | 李德群 | 材料学院 |
| 2007 | 二等 | 科技进步奖 | *脑出血后脑损伤机制的研究与临床治疗新策略的应用② | 张苏明 | 同济医院 |
| 2007 | 二等 | 科技进步奖 | *双层桥面无隔板预应力混凝土箱梁斜拉桥创新技术⑤ | 土木学院 | |
| 2008 | 二等 | 科技进步奖 | 高性能发动机曲轴高精高效磨削加工技术与系列成套设备 | 段正澄 | 机械学院 |
| 2008 | 二等 | 科技进步奖 | 中国教育科研网格 | 金 海 | 计算机院 |
| 2009 | 二等 | 自然科学奖 | 微器件光学及其相关现象的研究 | 吴 颖 | 光电实验室 |
| 2009 | 二等 | 科技进步奖 | 跨区域大型电网继电保护整定计算自动化系统 | 段献忠 | 电气学院 |
| 2009 | 二等 | 科技进步奖 | *创伤感染流行病学特征、易患机制与诊治措施② | 白祥军 | 同济医院 |
| 2009 | 二等 | 科技进步奖 | *遥感测图业务平台研制及重大工程应用④ | 田金文 | 图像所 |
| 2009 | 国际科技合作奖 | 布立顿·强斯(Britton Chance) | 光电实验室 | ||
| 2010 | 二等 | 自然科学奖 | tau蛋白过度磷酸化机制及其在阿尔茨海默病神经元变性中的作用 | 王建枝 | 基础医学院 |
| 2010 | 二等 | 自然科学奖 | 生物功能的飞秒激光光学成像机理研究 | 骆清铭 | 光电学院 |
| 2010 | 二等 | 自然科学奖 | 塑料的复合结构、注射成型过程与机械破坏行为的研究 | 解孝林 | 化学学院 |
| 2010 | 二等 | 技术发明奖 | 基于SOA的无源光网络接入扩容与距离延伸技术 | 刘德明 | 光电学院 |
| 2010 | 二等 | 科技进步奖 | 复杂水电能源系统优化运行关键技术研究及应用 | 周建中 | 水电学院 |
| 2010 | 二等 | 科技进步奖 | 宫颈癌发病生物学特征研究及早期防治措施的建立与应用 | 马丁 | 同济医院 |
| 2011 | 二等 | 技术发明奖 | 高性能低成本细晶粒无钴金属陶瓷制备技术 | 熊惟皓 | 材料学院 |
| 2011 | 二等 | 技术发明奖 | 选择性激光烧结成形装备与工艺 | 史玉升 | 材料学院 |
| 2011 | 二等 | 科技进步奖 | 大批量混流生产工艺过程优化平台及其在汽车等行业的应用 | 邵新宇 | 机械学院 |
| 2011 | 二等 | 科技进步奖 | 支气管哮喘的发病机制及规范化治疗 | 施焕中 | 协和医院 |
| 2011 | 二等 | 科技进步奖 | *卵巢癌进展机制及其阻遏策略的研究与应用② | 马丁 | 同济医院 |
| 2011 | 二等 | 科技进步奖 | *环类零件精密轧制关键技术与装备③ | 李志刚 | 材料学院 |
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