2000年至2012年11月，该校获得国家自然科学奖、国家发明奖和国家科技进步奖三大奖37项，SCI论文数和国家自然科学基金项目数均位列全国高校前列，在第一、二、三届教育部人文社会科学优秀成果奖评选中获奖数均居全国高校第三位，第四届居第二位，国家社科基金课题、教育部社科课题均居全国高校前列，并有数十项成果获得国家“五个一”工程奖、国家图书奖、中国图书奖。学校连续十次荣获深圳国际高新技术成果交易会优秀产品奖(成交奖)和优秀组织奖。

人文社会科学研究的标志性成果有大型汉语工具书《故训汇纂》、译著《康德三大批判新译》、学术专著《马克思劳动价值论的历史与现实》等。