截至2013年12月，学校共有28个学院、直属系，26个直属单位，12家附属医院，在64个本科专业招生。
| 上海交通大学船舶海洋与建筑工程学院 | 上海交通大学药学院 |
| 上海交通大学机械与动力工程学院 | 上海交通大学人文学院 |
| 上海交通大学核科学与工程学院 | 上海交通大学安泰经济与管理学院 |
| 上海交通大学电子信息与电气工程学院 | 上海交通大学中欧国际工商学院 |
| 上海交通大学信息安全工程学院 | 上海交通大学凯原法学院 |
| 上海交通大学软件学院 | 上海交通大学国际与公共事务学院 |
| 上海交通大学微电子学院 | 上海交通大学媒体与设计学院 |
| 上海交通大学材料科学与工程学院 | 上海交通大学外国语学院 |
| 上海交通大学理学院数学系 | 上海交通大学马克思主义学院 |
| 上海交通大学理学院物理与天文系 | 上海交大-巴黎高科卓越工程师学院 |
| 上海交通大学化学化工学院 | 上海交通大学体育系 |
| 上海交通大学环境科学与工程学院 | 上海交通大学交大密西根学院 |
| 上海交通大学生命科学技术学院 | 上海交通大学航空航天学院 |
| 上海交通大学生物医学工程学院 | 上海交通大学上海高级金融学院 |
| 上海交通大学农业与生物学院 | 上海交通大学创业学院 |
| 上海交通大学医学院 | 上海交通大学继续教育学院 |
| 上海交通大学致远学院 | 上海交通大学国际教育学院 |
| 上海交通大学海外教育学院 |
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