截止2014年1月，学校有一级学科博士学位授权点36个，一级学科硕士学位授权点57个，博士专业学位授权点3个、硕士专业学位授权点21个;拥有9个国家一级重点学科，11个国家二级重点学科，7个国家重点(培育)学科，上海市重点建设的学科数55个;另设有32个博士后流动站。

重点学科

国家重点学科

类别	学科名称
一级学科（9个）	船舶与海洋工程	机械工程	生物医学工程
	力学	材料科学与工程	动力工程及工程热物理
	控制科学与工程	计算机科学与技术	管理科学与工程
二级学科（11个）	生物化学与分子生物学	凝聚态物理	光学
	遗传学	电磁场与微波技术	通信与信息系统
	儿科学	内科学	外科学
	口腔临床医学	病理学与病理生理学内科学

上海市重点学科

光学	高分子化学与物理	微生物学	遗传学
生物化学与分子生物学	流体力学	车辆工程	岩土工程
蔬菜学	企业管理	医学基因组学	组织工程学
口腔颌面外科学	内分泌与代谢学	消化病医学	肾脏医学
口腔修复与生物材料学	风湿病学	儿科学	发育生物学
医学免疫学